1872 habilitierte sich der in München promovierte Julius Jolly (1849-1932) in Würzburg und übernahm zum Sommersemester 1873 zunächst als Privatdozent den Sanskritunterricht. Er hielt ferner Vorlesungen zu Themen wie „Indische Kulturgeschichte“ oder „Sprachwissenschaft und Völkerkunde.“ 1877 wurde Jolly zum außerordentlichen Professor ernannt, 1886 berief man ihn auf eine „Professur für Sanskrit und Vergleichende Sprachwissenschaft.“ Julius Jolly kann als der bedeutendste Würzburger Indologe angesehen werden und vertrat das Fach über viele Jahrzehnte hinweg in großer Breite. Selbst nach seiner Emeritierung 1920 lehrte er noch bis 1928. Im Winter 1882/83 reiste er nach Indien und war dort unter anderem als „Tagore Professor of Law“ in Kalkutta tätig. Zu seinen Forschungsschwerpunkten gehörten das indische Recht und die indische Medizin. Auf beiden Gebieten hat er bis heute maßgebliche Standardwerke verfasst. 1909/10 war er ferner Rektor der Universität Würzburg.
Zwar war die Indologie 1949/50 wieder als eigenständiges Fach an der Universität Würzburg etabliert worden, wurde jedoch 1953/54 der „Indogermanischen Sprachwissenschaft“ eingegliedert und führte die Bezeichnung „Indogermanische Sprachwissenschaft, Indologie.“ 1980 wurde auch Egon Brucker zum „Außerordentlichen Professor der Indologie“ ernannt. Er hatte sich 1976 mit einer Arbeit über die spätvedische Kulturepoche habilitiert. Ab den 1970er Jahren wurde in der Indologie mit Hilfe von Lehrbeauftragten neben dem Sanskrit wiederholt auch Hindi-Sprachunterricht angeboten. Nach dem Ausscheiden Egon Bruckers war die außerordentliche Professur für Indologie noch bis 1998 vertretungsweise besetzt worden, um sie 1999 unter neuen Vorzeichen als selbständigen Lehrstuhl auszuschreiben. Die Erstbesetzung des neuen Lehrstuhls, der nun zu einem „Institut für Kulturwissenschaften Ost- und Südasiens“ gehörte, erfolgte Anfang 2001 durch Heidrun Brückner, zuvor Professorin für Indologie an der Universität Tübingen, unter deren Leitung das Fach kontinuierlich ausgebaut wurde. Nach deren Ausscheiden übernahm Karin Steiner 2015 - 2017 die Lehrstuhlvertetung, bis im Oktober 2017 Jörg Gengnagel zum neuen Lehrstuhlinhaber und geschäftsführenden Vorstand am Institut für Kulturwissenschaften Ost- und Südasiens berufen wurde. Der Lehrstuhl für Indologie deckt heute in Forschung und Lehre viele wichtige Bereiche vom alten bis zum modernen Indien ab.